当然，薛瑄的理学体系是不彻底的，他的宇宙观和认识论，并未完全摆脱朱熹“理本论”的影响，而且还带有朱熹“心本论”的明显倾向。薛瑄十分强调心学，明确提出“从事于心学”[7]的主张。他面对国势日衰的现实，强调要“正人心”，尤其要“正君心”，说：“天下之心在国，国家之本在家，家之本在身，身之本在心。心正，身修，家齐，天下平，王道不过如此。”“王道”之行，“皆归于人君之一心”，“其本”在于“正心修身”。“自古兴亡治乱之几，皆本于心之存亡。”因此，他一方面强调“以心映理”，具有朴素的反映论，另一方面却又提出“万理本诸心”，“天下之理具于吾心”，“心为天下之大本”的说法，从而陷入先验论的心本论。薛瑄认为：“天下无性外之物，而性无在。”所谓物，包括君臣父子夫妇长幼朋友在内，所谓性，就是人伦之理，性就是理。所以要“以性为宗”，“复性为要”，这是“圣人相传之心法”。他根据程朱理学的观点，认为性是天所赋予人之理，所谓的“复性”，就是要求人们通过道德修养的途径，复返到湛然纯善的本体之性。而复性的方法主要是居敬穷理，在日常应接中不断省察克己，认识到自主性中存在的问题和缺陷，自觉地以伦理道德规范来约束自己的思想和言行。他说：“事事不放过，而皆欲合理，则积久而业广矣。”这实际上是朱熹下学而上达的修养方法。